而就在2004年，賴幸媛代表“臺聯(lián)黨”當選“立委”，也自此與李登輝結下緣份。

2008年馬英九當選當局領導人，邀請賴幸媛?lián)未箨懯聞罩鞴懿块T負責人一職，在臺灣政壇投下震撼彈，賴幸媛在“臺聯(lián)黨”設置了3大前提條件下應允就任，但賴幸媛就任沒多久，即因對兩岸政策的看法不同，而與“臺聯(lián)黨”漸行漸遠。

2008年10月14日“臺聯(lián)黨”要求賴幸媛在3天內辭去大陸事務主管部門負責人職務，否則將開除黨籍。3個小時后賴幸媛主動退出“臺聯(lián)黨”。

賴幸媛當年在爭議中就任，外界認為賴幸媛只是馬英九彰顯藍綠合作的樣板。但賴幸媛接掌大陸事務主管部門后，致力于臺當局大陸政策的宣傳推廣，也帶動各部門一起下鄉(xiāng)，宣傳政情。

2012年馬英九連任，評論普遍認為是當局兩岸政策及“九二共識”的勝利，當中大陸事務主管部門的確居功厥偉。

賴幸媛捍衛(wèi)兩岸政策的意志令許多人印象深刻，4年多來，兩岸關系已有大幅邁進，賴幸媛此時出任駐世界貿易組織(WTO)負責人，應背負了更深的期待。